کشف ۱۴۰ هزار گونه ویروس در روده انسان
ویروس ها بیشترین موجودات بیولوژیکی روی کره زمین هستند. اکنون محققان موسسه Wellcome Sanger و موسسه بیوانفورماتیک اروپا EMBL (EMBL-EBI) بیش از ۱۴۰،۰۰۰ گونه ویروسی را که در روده انسان زندگی می کنند شناسایی کرده اند که بیش از نیمی از آنها قبلاً هرگز دیده نشده اند.
این مقاله که (۱۸ فوریه ۲۰۲۱) در Cell منتشر شده است ، حاوی تجزیه و تحلیل بیش از ۲۸۰۰۰ نمونه میکروبیوم روده است که در مناطق مختلف جهان جمع آوری شده است. تعداد و تنوع ویروس هایی که محققان دریافتند به طرز شگفت آوری زیاد بود و این داده ها راه های تحقیق جدیدی را برای درک چگونگی تأثیر ویروس های زندگی در روده بر سلامت انسان باز می کند.
روده انسان یک محیط بیولوژیکی فوق العاده است. علاوه بر باکتری ها ، صدها هزار ویروس به نام باکتریوفاژها (Bacteriophage) که می توانند باکتری ها را آلوده کنند نیز در آنجا زندگی می کنند.
مشخص است که عدم تعادل در میکروبیوم روده می تواند به بیماری ها و شرایط پیچیده مانند بیماری التهابی روده ، آلرژی و چاقی کمک کند. اما در مورد نقش باکتریهای روده اطلاعات تقریبا کمی در دست است، و باکتریوفاژهایی که آنها را آلوده می کنند ، در سلامتی و بیماری انسان نقش دارند.
با استفاده از روش تعیین توالی DNA به نام متاژنومیکس (Metagenomics) ، محققان در موسسه Wellcome Sanger و موسسه بیوانفورماتیک اروپا EMBL (EMBL-EBI) کشف کردند، و تنوع زیستی گونه های ویروسی موجود در ۲۸۰۶۰ متاژنوم روده انسان و ۲۸۹۸ ژنوم جداسازی باکتریایی که از روده انسان کشت می شوند را فهرست بندی کردند.
دکتر الکساندر آلمیدا (Alexandre Almeida) ، استاد یار فوق دکترا در EMBL-EBI و موسسه Wellcome Sanger ، می گوید:
“مهم است که بخاطر بسپاریم که همه ویروس ها مضر نیستند ، بلکه یک جزء جدایی ناپذیر از اکوسیستم روده هستند. اولا ، بیشتر ویروس هایی که پیدا کردیم DNA را به عنوان ماده ژنتیکی خود دارند ، که متفاوت از عوامل بیماری زایی است که اکثر مردم می شناسند ، مانند SARS-CoV-2 یا Zika ، که ویروس های RNA هستند. ثانیا ، این نمونه ها عمدتا از افراد سالم تهیه شده است که هیچ بیماری خاصی ندارند. دیدن اینکه چگونه بسیاری از گونه های ناشناخته در روده ما زندگی می کنند و تلاش برای تشخیص رابطه بین آنها و سلامت انسان بسیار جالب و حائز اهمیت است.”
در میان ده ها هزار ویروس کشف شده،یک نوع بسیار رایج است (گروهی که دانشمندان معتقدند که یک جد مشترک دارند) شناسایی شد که نویسندگان از آن به عنوان Gubaphage یاد می کنند. مشخص شد که این بعد از crAssphage ، که در سال ۲۰۱۴ کشف شد ، دومین شیوع ویروس در روده انسان است.
به نظر می رسد هر دو این ویروس ها انواع مشابه باکتریهای روده انسان را آلوده می کنند ، اما بدون تحقیقات بیشتر شناخت دقیق عملکرد گوبافاژ که اخیراً کشف شده دشوار است.
دکتر لوئیس اف. کاماریلو-گوئررو (Luis F. Camarillo-Guerrero) ، اولین نویسنده این مطالعه از موسسه Wellcome Sanger ،می گوید:
“یک جنبه مهم کار ما این بود که اطمینان حاصل کنیم ژنوم ویروسی بازسازی شده از بالاترین کیفیت برخوردار است. یک خط لوله کنترل کیفیت دقیق همراه با رویکرد یادگیری ماشین، ما را قادر می سازد تا آلودگی ها را کاهش داده و ژنوم های ویروسی کاملی بدست آوریم. ژنوم های ویروسی با کیفیت بالا راه را برای درک بهتر نقش ویروس ها در میکروبیوم روده باز می کنند ، از جمله کشف روش های درمانی جدید مانند ضد میکروب ها از منشا باکتریوفاژ. ”
نتایج این مطالعه اساس پایگاه داده های روده فاژ (GPD) است ، یک پایگاه داده بسیار منظم حاوی ۱۴۲۸۰۹ ژن فاژ غیر زاید که منبع بسیار ارزشمندی برای افرادی است که باکتریوفاژها را مطالعه می کنند و نقشی که آنها در تنظیم سلامت هر دو ما، باکتریهای روده و خود ما بازی می کنند.
دکتر ترور لاولی (Trevor Lawley) ، نویسنده ارشد این مطالعه از موسسه Wellcome Sanger ، در رابطه با کشف ۱۴۰ هزار گونه ویروس در روده انسان می گوید:
“تحقیقات باکتریوفاژ در حال تجدید حیات است. این کاتالوگ با کیفیت بالا و در مقیاس بزرگ از ویروس های روده انسانی در زمان مناسب قرار می گیرد تا به عنوان نقشه ای برای هدایت تجزیه و تحلیل زیست محیطی و تکاملی در مطالعات ویروم آینده انجام شود. ”
برای نوشتن دیدگاه باید وارد بشوید.